HIFI技术的简介 HiFi reads（High fidelity reads） 是Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，一般采用CCS（Circular Consensus Sequencing）模式测序。在这种测序模式下，酶读长一般大于插入片段长度，因此酶会绕着模板进行滚环测序，插入片段会被多次测序。单次测
模拟一个简单计算器 Read simulators are widely being used within the research community to create synthetic and mock datasets for analysis. In this article, I will introduce some recently proposed, commonly used read simulators. 阅读模拟器在研究社区中被广
四、分析执行计划创建索引 根据语句的执行计划来判断应该对什么表创建什么索引，是常用优化技巧。 其实文章前面的例子已经告诉读者如何结合statistics profile 和statistics IO语句的输出来创建索引。这里分析一个稍微复杂一些的例子。 SQL语句如下： SELECT CurrentseNo FROM v_ptd
GitHub原文 首先必须在Linux环境下 安装Anaconda（Ubuntu） 在Ubuntu终端中安装GetOrganelle conda install -c bioconda getorganelle 下载好数据 （.gz) wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz wget https
PacBio The PacBio Sequel is the latest sequencing instrument developed by Pacific Biosciences. It allows for ultra-long read sequencing, unmatched by other sequencing technologies. Rather than generating small DNA fragments of the Illumina sequence, the S
上一篇，我们写了如何获取oracle的TOP SQL， 这一篇，我们来看看如何获取db2的TOP SQL。 相比oracle，db2在国内显得更小众点，所以资料可能会相对少点，好在IBM的文档整理的挺规范整齐的，还是免费查阅的（如果你能找到），这点比Oracle要良心多了。 从我个人的使用经历来看的话，db2的性能并不输oracle，
为了获得1000美元的基因组，是否以牺牲质量为代价?新系列的长读测序的崛起 作者:Theral Timpson根据2010年发表在《生物信息技术世界》(Bio-IT World)上的一篇文章，“1000美元基因组”这个词早在2001年就出现了。威斯康辛大学的大卫·施瓦茨声称，他是在美国国家人力资源研究所的一次
What is long read sequencing? October 2018 Emma Johnson emma.johnson@phgfoundation.org Sobia Raza sobia.raza@phgfoundation.org DNA sequencing the process of reading part or all of the DNA of an organism is helping to improve clinical care acro
Inversion detection using PacBio long readsStructural variations have received considerable attention in the past decade owing to their importance in disease aetiology and ecological adaptation. Many prior efforts have exploited short paired-end reads to
Long reads: their purpose and place 长读:他们的目的和位置 Martin O Pollard, Deepti Gurdasani, Alexander J Mentzer, Tarryn Porter, Manjinder S Sandhu Human Molecular Genetics, Volume 27, Issue R2, 01 August 2018, Pages R234–R241, https://doi.or
Hybrid assembly with long and short reads improves discovery of gene family expansions 长链和短链杂交组合提高了基因家族扩展的发现 Jason R. Miller, Peng Zhou, Joann Mudge, James Gurtowski, Hayan Lee, Thiruvarangan Ramaraj, Brian P. Walenz, Ju
Long-read error correction: a survey and qualitative comparison 长读纠错:调查和定性比较 Pierre Morisse, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.06.977975 This article is a preprint and has not been certified by peer revi
trim_galore 注意：软件工具一般会定期进行迭代更新，如果使用出现问题，请查看官方文档。 网址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安装fastqc和cutadapt Trim galore简介 Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括
目录1.测序2.流程概述3.raw data过滤4.比对5.局部重比对6.碱基质量校正（BQSR）7.变异检测（SNP和InDel）8.变异过滤9.CNV检测10.SV检测11.变异结果注释12.常见问题1）适合样本？测序深度？2）如何找候选变异？3）如何验证变异？ 1.测序 DNA样品超声随机打断，片段纯化，末端修复，3’端加 A碱基，两端加文库接头
import csv, xlrddef read_csv(x, y, file_name=''): rows = [] with open(file_name, 'rb') as f: reads = csv.reader(f, dialect=',', quotechar='|') next(reads, None) for row in reads:
ORACLE 物理读 逻辑读 一致性读 当前模式读总结浅析 https://www.cnblogs.com/kerrycode/p/5940626.html 在ORACLE数据库中有物理读（Physical Reads）、逻辑读（Logical Reads）、一致性读（Consistant Get）、当前模式读（DB Block Gets）等诸多概念，如果不理解或混淆这些概念的
本人新书上市，请多多关照：《SQL Server On Linux运维实战 2017版从入门到精通》 这几天我一直在跟进公司的一个性能问题，里面涉及到聚集列存储索引的问题。跟微软的技术支持讨论了一下，他们的建议可以考虑转成非聚集的列存储索引，那我到底怎么做好呢？我觉得有必要研究一下这两者
前面做的许多处理基本上自己拼凑来的，下面再看下完整解决方案。researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项？这个没找到。主要发现了有两个方案，一个是有篇文章提出了一个流程Hybrid-denovo，还有一篇peer review的文章，几个人评议还有一个人不同意，anyway，
--1、查看耗时SQL select * from (select v.sql_id, v.child_number, v.sql_text, v.elapsed_time, v.cpu_time, v.disk_reads, rank() over(order by v.elapsed_time desc) elapsed_rank from v$sql v) a where elapsed_rank <= 10; -- 2.查看CPU消耗时间最多的前10条SQL语句
GIN(Generalized Inverted Index, 通用倒排索引) 是一个存储对(key, posting list)集合的索引结构，其中key是一个键值，而posting list 是一组出现过key的位置。如(‘hello', '14:2 23:4')中，表示hello在14:2和23:4这两个位置出现过，在PG中这些位置实际上就是元组的tid(行号，包括数据块I
第五章 新一代测序NGS：重测序的回帖和变异鉴定 5.1 新一代测序 从二十世纪前，人类认识到DNA的重要性后，一直以来将测序----确定一个特定DNA分子的序列----作为理解生命的重要方法。 真正可以大规模运用的核酸测序方法，是1977年由英国生物化学家Frederick Sanger提出并实现. S
题目 Input: intersectVal = 8, listA = [4,1,8,4,5], listB = [5,0,1,8,4,5], skipA = 2, skipB = 3 Output: Reference of the node with value = 8 Input Explanation: The intersected node's value is 8 (note that this must not be 0 if the two lists intersect).
具体错误： 使用mysql创建、调用存储过程，函数以及触发器的时候会有错误符号为1418错误。 [Err] 1418 - This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary logging is enabled (you *might* want to use the less safe log_bin_tr
一.假设一个一个业务场景 SSM框架,MySQL数据库InnoDB存储引擎 某个业务需要将student表中student_id = 3 的 type 修改成 1,条件是这个学生所在班级的其它学生的type都不等于 1 .也就是先查询在修改. 且有可能产生并发. 二.分析问题 根据问题的描述,我们貌似直接在ser
Filter Symbol T. Definition QualByDepth QD 2.0 The variant confidence (from the QUAL field) divided by the unfiltered depth of non-reference samples. FisherStrand FS 60.0 Phred-scaled p-value using Fisher's Exact Test to det
