传送门 思路 dfs 树的一道出色的应用题 令 \(k=\lceil \sqrt n \rceil\) 我们先按照遍历的顺序构建出 dfs 树 对于一条返祖边 \((u, v)\)，如果有 \(dep_u-dep_v +1\ge k\)，那么 dfs 树上的链 \((v, u)\) 就是一个满足要求的环 假如并没有满足要求的环，说明对于从根出发的链上任意两
传送门 思路 如果没有强制，那就是一个简单的树形DP，我们用 \(f[i][0/1]\) 表示 \(i\) 的子树内，\(i\) 选或不选的最小代价；用 \(g[i][0/1]\) 表示整个树减去 \(i\) 的子树，\(i\) 选或不选单最小代价。这类似于换根DP 有了强制，说明我们的DP有一些状态不可取，虽然我们不能退回去再做一次D
传送门 思路 先设 \(f_{i,j}\) 表示到第 \(i\) 秒时，正在煎某一面，另一面煎了 \(j\) 分钟 我们就有转移： \[f_{i,j}=f_{i-1,j} \]（不翻面的情况） \[f_{i,j}=f_{i-1,i-j}+1 \]（翻面，而且在区间内） 这是 \(O(n^2)\) 的，不能过 我们发现，显然一个区间内最多翻转两次，因为三次或以上可以合并成
Bam文件 2022-07-14 在处理NGS下机数据时，通常会涉及到比对结果的查看，这需要对比对后的文件比较熟悉，下流的分析模块也需要用到比对输出的结果文件。通常存储为Bam格式的文件，Bam格式是一种二进制存储文件，转化为文本格式后对应于Sam文件。Sam文件记录了reads比对后的结果信息。具体的
传送门 思路 一道典型的高斯消元的期望DP 通过朴素的思考，我们可以获得如下的转移方程 \[f_{i,j}=p_{i,j-1}\times(f_{i,j-1}+1)+p_{i,j}\times(f_{i,j}+1)+p_{i,j+1}\times(f_{i,j+1}+1)+p_{i+1,j}\times(f_{i+1,j}+1) \]（我们这里采用的是老套路逆推，而要注意到在边界的点移动的概
//当file改变的时候，将img的src改为修改后的值 $(".file").change(function(){ f=document.querySelector('.file').files[0]; var reads=new FileReader(); reads.readAsDataURL(f); reads.onload=function(e){ $(&quo
目录 一. RPKM,FPKM,TPM的区别 二. 二代测序中的barcode 三. De Novo sequencing & resequencing 四. depth & coverage 五. 高通量测序技术 六. Sanger测序 七. 三代测序技术 八. 外显子测序 九. small RNA测序 十. SNP、SNV、InDel、CNV、SV 十一. Duplication 十二. Read
Jabba: hybrid error correction for long sequencing reads using maximal exact matches 机译：Jabba：使用最大精确匹配对长序列读数进行杂交错误校正 hird generation sequencing platforms produce longer reads with higher error rates than second generation sequencing t
写在前面 rust-mdbg 是一种超快的minimizer-space de Bruijn graphs (mdBG) 实现，适用于组装长而准确的读数，例如PacBio HiFi。 随着18年以来Pacbio HiFi reads的出现，让一些复杂基因组的组装不再复杂，而且有越来越多的课题组也加入到了基因组学的研究中，正是因为有了高精度长读长
RNA-seq一般不去重复 ChIP-seq一般去重复 call SNP一般去重复 还需参考起始量和PCR扩增数判断是否去重复。reads mapping覆盖均匀度可以判断是否需要去重复。 PCR去重工具首选Picard 根源上解决去重复问题：起始量高，循环数少，reads能长不短，能双端不单端 PCR重复的危害 理论
Solution 找到配置文件 /etc/rsyslog.conf 修改如下： 解注释：#$ModLoad imklog # reads kernel messages (the same are read from journald) 修改为：$ModLoad imklog # reads kernel messages (the same are read from journald) 增加注释：$OmitLocalLogging on 修改为：#$OmitLocal
1. Reads 高通量测序所产生的序列 2. Contig 拼接软件基于reads间的重叠区，拼接而得到的序列，contig也叫重叠群。 3. Scaffold 基因组de novo 测序，通过reads拼接得到contigs,再构建454-paired-end 库或illumina mate-pair库，以获得一定大小片段两端的序列。基于这些序列进而确定co
原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_32161925/article/details/113199345?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2~default~baidujs_title~default-0.control&spm=1001.2101.3001.4242 具体错误： 使用mysql创建、调用存储过程，函数以及触发器的时候会有错误符号为14
文章目录 额外的特征1. Benchmarking（基准测试）2. Modularization（模块化）3.Automatic deployment of software dependencies（自动部署软件依赖项）4. Tool wrappers（工具包装）5. Cluster execution6. Using –cluster-status7.Constraining wildcards 参考： https://snakemake.
IO的性能分析一直是性能分析的重点之一，分析的思路是： 在代码的逻辑清晰的情况下，是完全可以知道哪些文件是频繁读写的。但是对性能分析人员来说，通常是面对一个不是自己编写的系统，有时还是多个团队合作产生的系统。这时就会出现很多的推诿和争执。如果可以迅速地把
IO的性能分析一直是性能分析的重点之一，分析的思路是： 在代码的逻辑清晰的情况下，是完全可以知道哪些文件是频繁读写的。但是对性能分析人员来说，通常是面对一个不是自己编写的系统，有时还是多个团队合作产生的系统。这时就会出现很多的推诿和争执。如果可以迅速
之前说，实验室主要使用的是10X的数据，但是我现在对于10X的数据的了解很少。所以，想更进一步的了解一下。从网页上搜集到资源，整理如下。 RNA-seq技术的主要的目标就是（1）定性（2）定量。所以，在某种程度上，就是围绕着两个目标进行的，只不过提出的解决方法会有所不同。 一句话总结：单细胞
oracle 中如何定位重要(消耗资源多)的SQL 发表于 2011 年 2 月 17 日 由 惜分飞 联系：手机/微信(+86 13429648788) QQ(107644445) 标题：oracle 中如何定位重要(消耗资源多)的SQL 作者：惜分飞©版权所有[未经本人同意,不得以任何形式转载,否则有进一步追究法律责任的权利.] 1、
在分析全外数据的时候，无论是在样本鉴定还是CNV分析的过程中，都需要对样本进行性别判断，那么我们如何对WES数据进行性别判断那？ 一、性别判断思路 对于WES数据，个人认为性别判断主要有三个思路： 1、根据Y/X染色体的reads比，这个最好理解，男性的Y/X染色体的reads比会显著大于女性的； 2
数据库优化中的一个实例，记录一下： 原来用了distinct，reads高达2万多； 优化去掉distinct，reads降低到20. 欢迎转载，但转载请务必注明博文来源和作者！* 来源：https://www.cnblogs.com/zhang502219048/p/14743424.html* 作者博客园博主：zhang502219048* 微信公众号名称：SQL数据库编程
Bowtie 2是一种超快速且高效存储的工具，可用于将测序序列与参考序列进行比对。 https://github.com/BenLangmead/bowtie2 建立参考基因组索引 # Building a small index bowtie2-build example/reference/lambda_virus.fa example/index/lambda_virus # Building a large ind
从10g开始，我们采用awr报告来分析数据库的性能，我们发现增加了很多dba_hist相关的视图，其中基于时间相关的字段delta开始出现，对于我们计算语句的时间消耗很有帮助！ 其实Delta 表示第四个希腊字母，大写为Δ，小写为δ，其在数学和科学，表示变量的变化 在Oracle中的Delta number其实是
一套 Oracle 10G rac ，两台主机cpu一下在95%以上，取出两台主机awr信息分析一下 AWR查询：SQL> @?/rdbms/admin/awrrpt.sql awr查看步骤：1. 如果 DB Time 比 Elapsed 大很多则 系统CPU负载很高 2. 看 TOP 5 , 如果CPU time排在第一，但%不高 查看一下 SQL ordered by CPU Time 3. 这次主要
目录1. 什么是单倍型？2. 单倍型组装的意义？3. 如何进行单倍型组装？方法1：Trio-binning (Illumina+Pacbio)方法2：DipAsm（HiFi+Hi-C）方法3：strand seq + long reads 1. 什么是单倍型？ 同源染色体：同源染色体，一个来自母本，一个来自于父本。 单倍型：单倍体基因型的简称。遗传学上指在单条染色体上
根据bulk RNA-seq或者single-cell RNA-seq来找isoform的类型。 难点：二代NGS的reads长度较短，可能无法成功组装出full-length的isoform。 我们只需要关注junction read，基数即可。 junction read：在成熟mRNA中，测序的reads如果同时跨越了两个exon，则为junction read。 如何提取
