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  • python 中统计不同scafflod的GC含量并输出GC含量最高的scafflod2022-08-18 08:30:23

      001、方法1 root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py root@PC1:/home/test# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >Rosalind_6404 CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC TCCCACTAATAATTCTGAGG >Rosalind_5959 CCATC

  • python中生成指定序列的反向互补序列2022-08-18 08:00:47

      001、方法1: root@PC1:/home/test# ls test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python out_file = open("result.txt", "w") str1 = "AAAACCCGGT" ## 转换序列 str1 = str1.upper

  • python 中os包的常见操作2022-08-17 19:03:40

      001、列出当前工作目录 >>> import os >>> os.getcwd() ## 列出当前目录 '/home/test4'   002、修改工作目录 >>> os.chdir("/home/test3/") ## 修改当前的工作目录 >>> os.getcwd() '/home/test3'   003、列出当前目录下

  • Oracle 备份与恢复 (Docker部署版)2022-08-17 18:33:37

    Oracle 备份与恢复 (Docker部署版) 一,宿主机设置定时备份脚本 1.检查Oracle容器是否正常运行 docker ps 2.进入容器,创建shell脚本 #oracle11g 是容器名 docker exec -it oracle11g bash #创建数据库dump的目录 mkdir -p /home/oracle/dump/ cd /home/oracle/dump/ #编写脚本并插入

  • linux 中sed命令 P和p的区别2022-08-17 17:02:31

      001: p:输出缓冲区中的所有内容。 P:输出缓冲区中一个个换行符之前的内容 (base) root@PC1:/home/test4# ls a.txt (base) root@PC1:/home/test4# cat a.txt 1 2 3 4 5 ## N的作用是预先读取下一行,将两行作为一行来处理,即两行内容储

  • linux 中sed命令删除匹配字符之前的若干行2022-08-17 16:31:59

      001、 (base) root@PC1:/home/test4# cat a.txt 1 2 3 4 34aaaa 5 6 7 aaaa 8 9 10 (base) root@PC1:/home/test4# sed -e:b -e '$!{N;1,1bb' -e\} -e '/\n.*aaa/!P;D' a.txt ## 删除匹配字符之前的一行 1 2 3 34aaaa 5 6 aaaa 8 9 10   002、 (base) root@

  • 【黑马程序员】——案例:本地生活小程序首页前端页面2022-08-17 16:00:35

    1. 新建项目 点击+号 进入创建场景,选择对应的选项和自己的AppID 为了不见黄色警告热重载,可以选择关闭。 在project.config.json项目的配置文件的setting配置添加如下: "checkSiteMap":false 2. 配置首页 2.1 新建项目与梳理项目结构 点击app.json小程序项目的全局配置文件的pag

  • jdk配置环境变量2022-08-17 10:31:22

    1.jdk安装完成后,"我的电脑"-->"高级"-->"环境变量"或者按windows键,输入"环境变量",回车 2.在系统变量里新建JAVA_HOME变量,值设为E:\jdk6(为jdk安装路径) 3.在系统变量里新建classpath变量,值为.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar 4.在path变量中末尾加入%JAVA_HOME%\bin;%JA

  • MySQL篇:MySQL主从搭建、django读写分离2022-08-17 09:02:04

    目录一、MySQL主从搭建1.1 什么是主从同步?1.2 原理1.3 搭建步骤1.3.1 拉取mysql5.7镜像1.3.2 创建一些文件夹,用来做目录映射1.3.3 启动两个docker容器1.3.4 链接主库1.3.5 链接从库1.3.6 测试二、django读写分离 一、MySQL主从搭建 1.1 什么是主从同步? 一个主库,写数据都写到主库,从

  • python 中统计绵羊 ARS-UI_Ramb_v2.0)参考基因组中GC含量及每条染色体的长度2022-08-17 08:32:00

      001、方法1 root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py root@PC1:/home/test# head -n 5 a.fasta ## 参考基因组文件 >NC_056054.1 Ovis aries strain OAR_USU_Benz2616 breed Rambouillet chromosome 1, ARS-UI_Ramb_v2.0, whole genome shotgun sequence CCTGA

  • linux 中 sed命令替换命令时i选项忽略大小写2022-08-17 06:30:09

      001、 (base) root@PC1:/home/test4# ls a.txt (base) root@PC1:/home/test4# cat a.txt e ds d g d E d G D f (base) root@PC1:/home/test4# sed 's/e/MMM/' a.txt ## e替换为MMM MMM ds d g d E d G D f (base) root@PC1:/home/test4# cat a.txt e ds d g d E

  • linux 中 sed n选项将两行作为一行处理,屏蔽第一行2022-08-17 02:01:35

      001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.txt (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt a1 a2 a3 a4 a5 a6 a7 a8 a9 a10 (base) root@PC1:/home/test2# sed 'n; s/a/M/g' a.txt ## n;将两行合并为一行, 保护第一行 a1 M2 a3 M4 a5 M6 a7 M8 a9 M10   002、 (base) roo

  • linux 中sed命令的保护模式b选项2022-08-17 01:33:10

      001、 (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 k 4 5 6 7 k 8 9 10 (base) root@PC1:/home/test2# sed '/k/{n;d}' a.txt ## 删除匹配k之后的一行 1 2 3 k 5 6 7 k 9 10 (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt 1 2 3 k 4 5 6

  • linux中sed命令删除匹配特定字符之间的数据2022-08-17 01:31:15

      001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.txt (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 01 02 AAA 03 04 05 BBB 06 07 08 CCC 09 10 (base) root@PC1:/home/test2# sed '/AAA/,/BBB/d' a.txt ## 删除匹配AAA和BBB之间的数据 01 02 06

  • linux 中 sed = 选项在每一行之前插入编号2022-08-17 01:30:44

      001、 (base) root@PC1:/home/test4# ls a.txt (base) root@PC1:/home/test4# cat a.txt ## 测试数据 This is 1 This is 2 This is 3 This is 4 This is 5 (base) root@PC1:/home/test4# sed = a.txt ## 在每一行之前插入编号 1 This is 1 2 This is 2 3 This is

  • linux 中 sed N选项将两行合并为一行处理2022-08-17 01:30:20

      001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.txt (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt | sed 'N; s/\n/\t/' ## 以两行为单位,将换行符替换为制表符 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

  • linux 中sed命令删除匹配字符之后的若干行2022-08-17 01:00:21

      001、 (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 k 4 5 6 7 k 8 9 10 (base) root@PC1:/home/test2# sed '/k/, +2{/k/b; d}' a.txt ## 删除匹配k之后的两行 1 2 3 k 6 7 k 10 (base) root@PC1:/home/test2# sed '/k/, +1{

  • python中统计人类基因组的外显子总长度(部分测试序列)2022-08-16 23:32:52

      001、方法1 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 #chromosome nc_accession gene gene_id ccds_id ccds_status cds_strand cds_from cds_to cds_loc

  • linux 中sed命令如何同时将多个字符替换为指定字符2022-08-16 21:31:11

      001、 (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 e f k s g d a c m s e g (base) root@PC1:/home/test2# sed 's/m/Q/g' a.txt ## 将m替换为Q e f k s g d a c Q s e g (base) root@PC1:/home/test2# sed 's/m\|k/Q/g&

  • 【Azure 应用服务】如何从App Service for Linux 的环境中下载Container中非Home目录下的文件呢?2022-08-16 20:02:01

    问题描述 在App Service for Linux的环境中,我们能通过SSH进入到Container的环境中,并且可以通过在kudu站点的URL后面添加 /newui 打开一个适用于Linux环境的Kudu图形化页面,在其中,可以通过File Manager来查看/Home目录下的文件,并且可以通过下载图标进行下载。如下: 新kudu的URL为:http

  • python 中实现按照 fasta文件的scaffold进行排序2022-08-15 18:33:47

      001、 方法1 root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fasta", "r") dict1 = dict() for i in in_file: i = i.strip() if i[0] == &qu

  • centos7根分区扩容(减少home分区容量)2022-08-15 17:34:55

    由于安装centos时没有手动分区,导致/home分区过大。而在工作中基本使用docker来安装一些软件 而安装docker的默认存储是在/var/lib/docker    时间长了,程序占用空间就大了。 这个时候根分区就不够用了。 临时解决: 1.  lvreduce -L 100G /dev/mapper/centos-home   (减少/hom

  • python 中统计fastq文件中 GC含量2022-08-15 17:01:58

      001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAA + JJJJJIIJJJJJJHIHHHGHFFFFFFCEEEEEDBD

  • python 中实现切除fastq文件序列的前后若干碱基2022-08-15 16:01:05

      001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fastq", "r") out_file = open("result.txt", "w") dict1 = {} idx = 0 for i

  • JAVA基础环境 一、JDK安装与环境2022-08-14 21:00:09

    JAVA开发者所需的基础环境变量 注意*以下内容请在Windows 企业版或专业版配置,以免遇到不必要的麻烦 一、jdk配置 1.jdk下载 jdk下载需要去Oracle官网下载,地址是https://www.oracle.com/ 然后用选择需要的JDK版本,不知道下载什么版本的可以参考下表。 版本 介绍 jdk-6 经典中

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