标签:python fastq PC1 GC file test home root
001、
root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAA + JJJJJIIJJJJJJHIHHHGHFFFFFFCEEEEEDBD?DDDDDDBDDDABDDCA @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12782:49716 CTCTGCGTTGATACCACTGCTTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTAGATCGG + IIIIIIIIIIIIIIIHHHHHHFFFFFFEECCCCBCECCCCCCCCCCCCCCCC root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fastq", "r") out_file = open("result.txt", "w") idx = 0 str1 = "" for i in in_file: idx += 1 i = i.strip() if idx % 4 == 2: str1 += i gc = str1.count("G") + str1.count("C") out_file.write(str(gc/len(str1)) + "\n") in_file.close() out_file.close() root@PC1:/home/test# python test.py ## 运行程序 root@PC1:/home/test# ls a.fastq result.txt test.py root@PC1:/home/test# cat result.txt ## 运行结果 0.49038461538461536
参考:https://www.jianshu.com/p/5ee54bea4cb0
标签:python,fastq,PC1,GC,file,test,home,root 来源: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16588859.html
本站声明: 1. iCode9 技术分享网(下文简称本站)提供的所有内容,仅供技术学习、探讨和分享; 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 3. 关于本站的所有言论和文字,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 4. 本站文章均是网友提供,不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属;如您发现该文章侵犯了您的权益,可联系我们第一时间进行删除; 5. 本站为非盈利性的个人网站,所有内容不会用来进行牟利,也不会利用任何形式的广告来间接获益,纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。