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  • 在Linux系统装Java环境2022-08-04 13:34:02

    在Linux下比较简单,使用yum安装,步骤如下: 可以看看有哪些版本 yum -y list java* 当然还是选择1.8 ## 不要用这个openjdk 里面没有javac,我后面才发现,要用这个devel版本 ##yum install java-1.8.0-openjdk.x86_64 yum install java-1.8.0-openjdk-devel.x86_64 安装完成你可以使用

  • 安装Hadoop2.10.12022-08-03 23:31:40

    前言通过在Hadoop1安装Hadoop,然后配置相应的配置文件,最后将Hadoop 所有文件同步到其他Hadoop节点。 一、集群规划#主机名‘master/hadoop1’ ‘slave01/hadoop2’ ‘slave02/hadoop3’ #启动节点Namenode Nodemanager Nodemanager

  • CDH更改datanode存储目录2022-08-03 09:34:19

    1.问题梳理: CDH集群中,数据文件位置默认在 /dfs/dn 中,这个目录所属的盘符是 /,但是 ‘/’只有50G大小,还有其他各种文件的日志什么的,空间很紧张。今天启动脚本上传文件到hive,因为空间问题一直报错。查阅了资料,需要将CDH集群 HDFS数据存储 更换目录。 通过命令查看各个盘符 占用情况

  • linux 中 awk print > 选项实现 按照特定列拆分数据2022-08-03 01:00:51

      001、 root@PC1:/home/test2# ls test.map root@PC1:/home/test2# cat test.map ## 用一个map文件进行测试,按照染色体打乱顺序 6 snp16 0 312984 1 snp2 0 85204 5 snp15 0 204629 6 snp17 0 380470 8 snp

  • linux 中 gz文件压缩保留源文件、解压缩保留源文件2022-08-03 00:32:19

      001、压缩保留源文件 root@PC1:/home/test2# ls outcome.map root@PC1:/home/test2# gzip -c outcome.map > new.map.gz ## 压缩为gz文件,并保留源文件 root@PC1:/home/test2# ls new.map.gz outcome.map   002、解压缩保留源文件 root@PC1:/home/test2# ls outcome.map

  • docker下mysql主从同步配置2022-08-02 23:35:51

    基础信息: 主机地址:192.168.3.47:3307 从机地址:192.168.3.47:3308 主机配置步骤 按照之前的文章docker下安装mysql先把mysql镜像拉去下来,这里我用的是5.7.38的版本 先创建目录/home/docker/mysql_master/,在该目录下创建2个文件夹 conf和data #这个是主机的映射根目录 mkdir -p /h

  • linux 扩展分配空间扩容2022-08-02 18:33:44

    背景提要: 安装linux系统时,一直点默认点导致 磁盘只有一块。  根目录只有50G ,而home却非常多的磁盘空间,在这种情况下我们应该如何修改磁盘空间呢??????? df -h       操作前的必要条件: 取消你需要减少磁盘容量的分区的挂载,扩容的分区是可以直接进行扩容的  步骤1:备份卸载    

  • Linux的进程查看、vim编辑器和文件查找2022-08-01 18:36:13

    reboot 重启服务器 杀掉进程:kill -9 pid   进程是操作系统最小的运行单位,而线程是进程的最小运行单位 协程:微小的线程,也叫微线程,它是基于用户行为的控制   ps命令——查看静态的进程统计信息(⼀般结合选项使⽤ ps -aux 或 ps -elf 命令) 建议使⽤ ps -elf 查询,输出的信息更详细些

  • Linux实战(三)2022-08-01 18:35:00

    进程是操作系统最小的运行单位,而线程是进程的最小运行单位 协程:微小的线程,也叫微线程,它是基于用户行为的控制 进程查看 1、ps ps命令——查看静态的进程统计信息(⼀般结合选项使⽤ ps aux 或 ps -elf 命令) 建议使⽤ ps -elf 查询,输出的信息更详细些,包括 PPID (对应的⽗进程 的PID

  • linux 中 tar.lzma 文件的解压2022-08-01 12:36:31

      001、解压 .tar.lzma文件 root@PC1:/home/test2/test# ls test_chr22.tar.lzma ## 增加 -k 参数 保留源文件 unlzma -k test_chr22.tar.lzma root@PC1:/home/test2/test# unlzma test_chr22.tar.lzma ## 解压缩, 或者:lzma -d test_chr22.tar.lzma root@PC1:/home

  • module: command not found2022-08-01 01:32:59

      001、 module: command not found   002、 root@PC1:/home/test# cat /proc/version Linux version 5.15.0-41-generic (buildd@lcy02-amd64-105) (gcc (Ubuntu 9.4.0-1ubuntu1~20.04.1) 9.4.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.34) #44~20.04.1-Ubuntu SMP Fri Jun 24 1

  • docker简单命令集2022-07-31 18:06:15

    容器命令 1. 下载centos镜像 Docker pull centos   2. 创建容器并启动 Docker run [可选参数] image   #参数说明 --name=test #容器名称 -d  #后台方式运行 -it #使用交互方式运行。进入容器查看内容 -p #指定容器端口    -p 8000:8000 #主机端口:容器端口    -p 8000

  • 思科ISE设置思科设备的tacacs认证2022-07-31 17:01:58

    ISE版本2.4.0.357 1、新建设备的类型组(Device Type)和地址组(Location),这里全部命名cisco。 2、新建设备Device,注意Location和Type都选cisco,tacacs的密钥自行设定。 3、新建用户组Group,这里命名home。 4、新建用户User,密码类型是Internal Users(ISE本地用户),用户组用home。 5、身份

  • Linux环境jdk安装配置2022-07-31 15:36:25

    1.jdk安装包:jdk-8u191-linux-x64.tar.gz2.拷贝 jdk-8u191-linux-x64.tar.gz 到/usr/local命令如下:cp jdk-8u191-linux-x64.tar.gz /usr/local3.解压命令:tar -zxvf jdk-8u191-linux-x64.tar.gz4.配置java环境变量:vi /etc/profile #末尾加入以下配置:export JAVA_HOME=/usr/local/jd

  • 使用 emmax 进行GWAS分析2022-07-31 02:02:25

      001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls emmax_format.log emmax_format.tfam emmax_format.tped gwas_test.map

  • 使用GCTA软件进行GWAS分析2022-07-31 01:32:32

      001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# awk '{print $1, $2, $6}' gwas_test.fam > phenotype.txt ## 表型数据 root@PC1:/home/test# plink --bfile gwas_test --pca 3 1> /dev/null

  • GWAS logistic + 隐性模型 回归分析2022-07-31 01:03:36

      001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic recessive beta 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped plink.assoc.logistic pl

  • GWAS logistic + 显性模型 回归分析2022-07-31 00:31:07

      001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic dominant beta 1> /dev/null ## 使用显性模型分析 root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped plink.as

  • 【实验记录】7月30日 复现作者的示例代码-Roadmap2022-07-30 17:01:43

    ssh xxzhang@192.168.79.84 cd /home/xxzhang/data/Epigenome/Roadmap/ 1、拆分原始bed文件,并重命名文件名 (base) [xxzhang@cu08 Roadmap]$ python /home/xxzhang/workplace/software/giggle/examples/rme/rename.py /home/xxzhang/workplace/software/giggle/examples/rme/sta

  • 使用基因型数据计算近交系数2022-07-30 00:01:52

      001、plink --het (纯合度近交系数) root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --het 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped plink.het plink.log root@PC1:/home/test# head plink.het #

  • Java 环境配置2022-07-29 16:00:25

    Java 8 JAVA_HOME C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_202 CLASSPATH .;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar Path %JAVA_HOME%\jre\bin %JAVA_HOME%\bin Java 9+ JAVA_HOME C:\Program Files\Java\jdk-13 Path %JAVA_HOME%\bin 问题: 1.为什么Java8以后版本不再指定

  • weblogic打补丁2022-07-29 09:31:31

    1、关闭所有weblogic服务进程2、上传补丁文件p23743997_1036_Generic.zip到服务器,然后解压缩到如下目录:{MW_HOME}/utils/bsu/cache_dir。(没有cache_dir可以手工建立)。3、进入{MW_HOME}/utils/bsu目录,修改bsu.sh(修改使其中Xms=1000m,Xmx=1000m)。4、执行如下命令进行打补丁操作:./bsu.

  • ubuntu安装jdk2022-07-29 01:33:19

    1. orcale官网下载jdk: https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java11 jdk安装:Compressed Archive 需自己编译RPM Package :RPM包,redhat/suse等系统使用;Debian Package 标准unix归档包,文件后缀deb;deb是debian linux(ubuntu等)的安装格式;rpm是redhat、fedora

  • linux shell脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式2022-07-29 01:01:10

      001、测试数据 root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs alleles chrom pos strand assembly center protLSID assayLSID

  • Linux 使用 parted 分区大于2T的硬盘2022-07-28 16:35:06

    parted /dev/sdb (用part命令对3T硬盘进行分区处理) mklabel gpt (用gpt格式可以将3TB弄在一个分区里) unit TB (设置单位为TB) mkpart primary 0 3 (设置为一个主分区,大小为3TB,开始是0,结束是3) mkpart primary 3 6 (再设置

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