Popgene分析方法： SSR为显性分子标记，故将实验分析数据作为单倍型数据进行统计，在某一位点上依据条带的有或无分别记为1或0，输入Excel表中形成二元数据矩阵。在此数据基础上进行如下统计分析：多样性分析，运用POPGENE Version 1.31软件计算地椒各种群间及种群内全部个体多态位点百
中国科学院动物研究所灵长类生态学研究组与德国灵长类研究中心等国内外多家科研机构合作，利用比较基因组、种群基因组及其细胞学功能实验，揭示了乌叶猴属中的石山叶猴种组物种适应喀斯特特殊生境的遗传机制，发现石山叶猴的钙离子通道蛋白（CAV1.2）具有有效减少钙离子内流的作用，从
给定2个长度分别为m和n的DNA序列X和Y，以及一个长度为p的模式子串P．带有子序列包含约束的最长公共子序列问题就是要找出x和Y的不包含P为其子串的最长公共子序列。例如，如果给定的DNA序列x和Y分别为X=AATGCCTAGGC，Y=CGATCTGGAC，模式子序列P=TGGC，则子序列ATCTGGC是X和Y的一个无约束的最长
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。 安装
之前一直看到文本对比的项目，我一直不懂为啥，这里看到基因序列，才知道，序列对比中，文本对比的重要。 传统的文本对比，都是逐字对比，这样好处是准确性，1就是1,2就是2，但是这样，用在基因对比上来，动不动都是几百兆的数据，这样来对比，无疑都是作死的的节奏。 两段基因的对比，个人认为，应该是加
今天是大年三十，刚刚好在今天读完了这本《自私的基因》，印象中这本书已经被多次推荐到，但是也真的是无闲暇时间，还好2019末假期的归途是在火车上度过，还是硬座，那样的环境就像是头悬梁锥刺股，你无法安定的入座亦无法尽兴的闭眼休憩，所以还是拿出了我的移动图书馆开始阅读，有句话叫计
超越智商与机器人叛乱 ‘智商’源自智力测试，的出的值
目前鉴定全基因组加倍（whole-genome duplication events）有3种 通过染色体共线性（synteny） 方法是比较两个基因组的序列，并将同源序列的位置绘制成点状图，如果能在点状图中发现比较明显的长片段，切较多，便可以推测是由于大尺度的基因组重复以后保留下来的痕迹，，而一般我们假想这种大
通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。 1 、利用软件HMMER进行模型搜索，软件官网：http://hmmer.org/download.html
仿生算法仿生算法是什么？ 什么是仿生？ 蜜蜂会造房子，人类就学习蜜蜂盖房子的方法，之后便有了航空建造工程的蜂窝结构。 仿生是模仿生物系统的功能和行为，来建造技术系统的一种科学方法。生活仿生作品现代的飞机（减少阻力的外部形体）、模仿蜘蛛的爬山越野汽车、雷达系统的电子娃眼、航海的
什么是隐马尔可夫模型 隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM） 是统计模型，它用来描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。其难点是从可观察的参数中确定该过程的隐含参数。然后利用这些参数来作进一步的分析，例如模式识别，特别是我们今天要讲的基因预测。是在被建模的系统被认为是
In genetics, an expressed sequence tag (EST) is a short sub-sequence of a cDNA sequence. ESTs may be used to identify gene transcripts, and are instrumental in gene discovery and in gene-sequence determination. EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA 序列
在地球公元纪年2002年-2018年的十多年的时候，某位传说是著名的破解专家的小组接到一个基因盘暴力破解的任务。。。因为当时非线性解码器还没有完成。。所以用私有的服务器和当时的GPU呢，只能够完成非对称基因盘的破解。。结果，客户就把这个基因代码包拿回去用了。。。。现在，大家看到
我们在对基因进行GSEA分析的时候，input要求有两列，第一列是基因ID或者基因name，中间是制表符分隔，第二列需要是log2FD排序或者log2FD*(-log10pvalue)，并进行排序，这样分布在两端的基因是差异最显著的基因。根据经验，第二种算法得出来的基因通路富集计算结果更好。
期刊：Molecular & Cellular Proteomics 发表时间：June 17, 2019 DOI：10.1074/mcp.RA119.001456 分享人：任哲 内容与观点： 大家好，本次分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于蛋白质组基因组学工具的文章，题目是FusionPro, a Versatile Proteogenomic Tool for Identi
链接：https://www.luogu.org/problem/P1140 思路： 设$f[i][j]$表示第一个串前$i$位与第二个串前$j$位匹配后的最大值。 可以将第$i$位与第$j$位直接匹配，或者分别用一个原字母匹配另一个空格。 代码： #include <bits/stdc++.h>const int b[6][6] = { {0, 0, 0, 0, 0, 0}, {0, 5
传送门 bzojbzojbzoj关了,干脆别开了 ，只有darkbzojdarkbzojdarkbzoj了 这道题和这道有区别？？？ #include<bits/stdc++.h> using namespace std; const int RLEN=1<<20|1; inline char gc(){ static char ibuf[RLEN],*ib,*ob; (ob==ib)&&(ob=(ib=ibuf)+fread(ibuf,1,RLE
【题目描述】： 21 世纪是生物学的世纪，以遗传与进化为代表的现代生物理论越来越多的进入了我们的视野。 如同大家所熟知的，基因是遗传因子，它记录了生命的基本构造和性能。因此生物进化与基因的变异息息相关，考察基因变异的途径对研究生物学有着至关重要的作用。现在，让我们来看这样一
【题目描述】： 21 世纪是生物学的世纪，以遗传与进化为代表的现代生物理论越来越多的进入了我们的视野。 如同大家所熟知的，基因是遗传因子，它记录了生命的基本构造和性能。因此生物进化与基因的变异息息相关，考察基因变异的途径对研究生物学有着至关重要的作用。现在，让我们来看这样
毕业前跟去山东当老师的同学讨论时，他问什么是组学？虽然搞生物信息，但是具体也没有给他解释清楚。最近医学细胞生物学书里第一章我看到有相关的描述，于是总结一下。 现在的组学研究，个人理解狭义上就是指基因组学和蛋白质组学。这里所谓的组，就是指一套相对完整的遗传物质，包括基因和基因
题目 分析
题目背景 大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了44种核苷酸，简记作A,C,G,TA,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。 在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。
费城染色体 费城染色体（Philadelphia chromosome, Ph (or Ph') chromosome），或称费城染色体易位（Philadelphia translocation），是一种与慢性粒细胞性白血病（chronic myelogenous leukemia, CML）相关的特殊染色体易位现象。其中细胞的9号染色体长臂与22号染色体长臂进行相互易位，具体定义为t
火山图（Volcano Plot）常用于展示基因表达差异的分布，横坐标常为Fold change（倍数），越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P值（P值），值越大差异越显着。原因得名也许的英文因为查询查询结果图像火山吧 一载入R函数包及数据集 library(ggplot2)data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row
I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI：若A,B是两个独立位点：PA是基因A的概率，PB是基因B的概率。因为基因A与基因B是相互独立的位点，所以基因型AABB的概率为PAABB=(PA)^2*(PB)^2 A RETROSPECTIVE DERIVATION.： 前提一：假设存在两个种群，这两个种群中：A的基因频率PA=1
