标签:H2 energy H1 surface 堆叠 plotly position import 3D
import plotly.graph_objects as go
import pandas as pd
from ase import Atoms
import numpy as np
from ase.calculators.emt import EMT
import math
H1 = np.linspace(0.5, 3, 100)
H2 = H1
def scan_energy_surface(sita):
e_surface = {}
for H1_position in H1:
e = []
for H2_position in H2:
water = Atoms('HOH', positions=[[H1_position, 0, 0], [0, 0, 0],
[H2_position * np.cos(sita), H2_position * np.sin(sita), 0]])
water.calc = EMT()
e.append(water.get_potential_energy())
e_surface_temp = {H1_position: e}
e_surface.update(e_surface_temp)
e_surface_df = pd.DataFrame(e_surface)
return e_surface_df
Sita = 90
fig = go.Figure(data=[go.Surface(z=scan_energy_surface(math.radians(Sita)), x=H1, y=H2)])
for i in range(10, 40, 10):
Sita = Sita + i
fig.add_traces(go.Surface(z=scan_energy_surface(math.radians(Sita)) + i * 3, x=H1, y=H2, opacity=0.8))
fig.update_layout(title="Water molecule energy surface with the angle varied from 90 degrees to 120 degrees", scene=dict(xaxis_title='H_1-O bond distance', yaxis_title='H_2-O bond distance', zaxis_title='Energy'))
fig.show()
结果如下:
难点:增加3D图形时要用add_traces而不是update_traces
如果前面已经出现过一次surface,这次再用update_traces,会将前面结果覆盖,只保留最后的结果。
标签:H2,energy,H1,surface,堆叠,plotly,position,import,3D 来源: https://blog.csdn.net/frank_haha/article/details/115051073
本站声明: 1. iCode9 技术分享网(下文简称本站)提供的所有内容,仅供技术学习、探讨和分享; 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 3. 关于本站的所有言论和文字,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 4. 本站文章均是网友提供,不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属;如您发现该文章侵犯了您的权益,可联系我们第一时间进行删除; 5. 本站为非盈利性的个人网站,所有内容不会用来进行牟利,也不会利用任何形式的广告来间接获益,纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。