标签：文件 Taxonomy list taxid dmp 物种 快速 taxname
目录需求
我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。
实现
因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和nodes.dmp文件，分别是物种层级关系文件和taxid与物种名对应文件。但我想要的只是species这个层级的，所以要结合这两个文件写个小程序才能实现，并且很可能出错，因为我不知道到底哪个才是标准的species name。
比如说，我想要知道taxid为10090的物种名，在names.dmp文件中有如下这么多对应关系：
其实，NCBI的Taxonomy数据库自带了一个叫TaxIdentifier的工具（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi），可以轻松转换。
如上图我输入一个taxid list，直接得到以下结果：
通过选择full taxid lineage，也可以得到该物种的所有谱系关系：
反过来，通过taxname来获得taxid也是一样的，不过要注意名字的规范性。
可见在生物学问题研究上，很多轮子已经造成了，要学会搜索和使用。关键还是需求问题。
标签：文件,Taxonomy,list,taxid,dmp,物种,快速,taxname 来源： https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14210730.html
本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享； 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关； 3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关； 4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除； 5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。