标签：GSM symbol GPL25318 Ensembl Gene GEO ID
【怪毛匠子整理】
一、使用SOFT文件
1. 确定GEO平台，比如GPL25318， 通过NCBI找到这个平台，也可以通过下面的链接，把GPL25318 替换成你想要的平台ID。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL25318
2. 下载SOFT文件
点开红框：
下载文件：
解压文件：
R语言处理# 读入文件
df2=read.table("GPL25318_family.soft",sep = "\t")
# 使用merge合并
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二、使用GEOquery包
library(GEOquery)
GPL=getGEO("GPL25318",destdir = ".")
g1=Table(GPL)
head(exprSet$ID)
[1] "200000_s_at" "200001_at" "200002_at" "200003_s_at" "200004_at" "200005_at"
new_datasets=merge(exprSet,g1,by = "ID" ,all.x = T)
colnames(new_datasets)
[1] "ID" "GSM******" "GSM******"
.....
[247] "GSM******" "GSM******" "GSM******"
[250] "Ensembl Version" "Ensembl Genome Version" "Orientation"
[253] "Probeset mapping position" "Ensembl Gene ID" "Gene Symbol"
[256] "Chromosomal location" "Strand" "Gene Description"
[259] "Entrez Gene" "SPOT_ID"
这样就搞定了！
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标签：GSM,symbol,GPL25318,Ensembl,Gene,GEO,ID 来源： https://www.cnblogs.com/zwj-pot/p/12692431.html
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