ICode9
精准搜索请尝试： 精确搜索
首页
编程语言>
数据库
系统相关
互联网
其他分享
Python
Java
JavaScript
android
PHP
首页 > 其他分享> 文章详细

R语言-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决

2020-01-16 15:02:12  阅读：1809  来源： 互联网

标签：rt KEGG && pathview 报错 install BiocManager gene


win10-R语言3.6.2-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决

一、环境准备

下载安装包（64位），（如果没有翻墙，选择国内的源进行下载）链接如下：

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-3.6.2-win.exe

其他版本可以打开https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN,再根据自己物理机的配置自行选择,如下图所示：
在这里插入图片描述

或者选择本人的百度云链接进行下载，链接如下：

链接：https://pan.baidu.com/s/1_FEnaqRfSY1HpoQW9nfWbA 
提取码：727u

安装

  • 双击下载好的R-3.6.2-win.exe文件，按提示安装即可。

配置环境变量，在系统环境变量的Path中写入安装的R路径F:\R\R-3.6.2\bin
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
点击快捷方式即可运行程序
在这里插入图片描述

二、运行程序

代码：

#install.packages("colorspace")
#install.packages("stringi")
#options(BioC_mirror=”https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioc/“)
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#   install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install(version = "3.10")
#BiocManager::install(c("DOSE", "clusterProfiler","pathview"))

# setwd设置工作路径，文件的读入和写出都是相对与该路径
setwd("C:\\Users\\urmsone\\Desktop\\Li")
library("clusterProfiler")
rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
rt=rt[is.na(rt[,"entrezID"])==F,]

geneFC=rt$logFC
gene=rt$entrezID
names(geneFC)=gene

#kegg富集分析
kk <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff =0.05)
write.table(kk,file="KEGG.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)

#柱状图
tiff(file="barplot.tiff",width = 30,height = 20,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
barplot(kk, drop = TRUE, showCategory = 20)
dev.off()

#点图
tiff(file="dotplot.tiff",width = 30,height = 20,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
dotplot(kk, showCategory = 20)
dev.off()

#通路图
library("pathview")
source("./pathview-u.R")
keggxls=read.table("KEGG.txt",sep="\t",header=T)
for(i in keggxls$ID){
  pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")
}

PS：首次运行时才需要安装依赖
安装依赖：

# 该程序需要手动安装的依赖有colorspace，stringi，DOSE，clusterProfiler，pathview
install.packages("colorspace")
install.packages("stringi")
# 换源
options(BioC_mirror=”https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioc/“)
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")
BiocManager::install(c("DOSE", "clusterProfiler","pathview"))

三、运行程序

打开R客户端
在这里插入图片描述
将代码复制进去执行

setwd("C:\\Users\\urmsone\\Desktop\\Li")
library("clusterProfiler")
rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
rt=rt[is.na(rt[,"entrezID"])==F,]

geneFC=rt$logFC
gene=rt$entrezID
names(geneFC)=gene

#kegg富集分析
kk <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff =0.05)
write.table(kk,file="KEGG.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)

#通路图
library("pathview")
#source("./pathview-u.R")
keggxls=read.table("KEGG.txt",sep="\t",header=T)
for(i in keggxls$ID){
  pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")
}

PS: 如果输出的KEGG.txt文件中含有ID为hsa04251的数据，可能会报错。报错在下节讲解如何解决

四、报错解决

报错: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager

  • 执行source("http://bioconductor.org/biocLite.R")报错

    错误: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install

    在这里插入图片描述

  • 原因：R 3.6以后使用BoicManager进行依赖管理

  • 解决

    # R 3.6以后使用BoicManager进行依赖管理
options(BioC_mirror=”https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioc/“)
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")
# 要安装什么依赖直接BiocManager::install("xxx")即可

报错：只有负下标里才能有零

  • 执行pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = “hsa”, out.suffix = “pathview”)报错

    Info: Writing image file hsa04215.pathview.png Info: some node width is different from others, and hence adjusted! Error in img[pidx[i, 3]:pidx[i, 4], sel.px, 1:3] : 只有负下标里才能有零

    在这里插入图片描述

  • 原因：拉下来的hsa04215.xml文件中部分entry为type="rectangle" x="1" y="1" width="1" height="1",node.info函数在解析该xml文件的时候会生成x=1 y=1的记录，导致生成png图片的时候报错
    在这里插入图片描述

  • 解决: 在pathview函数中把entry为type="rectangle" x="1" y="1" width="1" height="1"的数据过滤掉
    在这里插入图片描述

    • 首先，导入pathview
      > library("pathview")
载入需要的程辑包：org.Hs.eg.db
载入需要的程辑包：AnnotationDbi
载入需要的程辑包：stats4
载入需要的程辑包：BiocGenerics
载入需要的程辑包：parallel
...
    • 然后获取pathview的源码
      > pathview
function (gene.data = NULL, cpd.data = NULL, pathway.id, species = "hsa", 
    kegg.dir = ".", cpd.idtype = "kegg", gene.idtype = "entrez", 
    gene.annotpkg = NULL, min.nnodes = 3, kegg.native = TRUE, 
    map.null = TRUE, expand.node = FALSE, split.group = FALSE, 
    map.symbol = TRUE, map.cpdname = TRUE, node.sum = "sum", 
    discrete = list(gene = FALSE, cpd = FALSE), limit = list(gene = 1, 
        cpd = 1), bins = list(gene = 10, cpd = 10), both.dirs = list(gene = T, 
        cpd = T), trans.fun = list(gene = NULL, cpd = NULL), 
    low = list(gene = "green", cpd = "blue"), mid = list(gene = "gray", 
        cpd = "gray"), high = list(gene = "red", 
        cpd = "yellow"), na.col = "transparent", 
    ...)
    • 新建一个pathview-u.R文件,将pathview函数的源码写入，并修改函数名为pathview-u，在plot.data.gene=node.map..后加入plot.data.gene<-plot.data.gene[rowSums(plot.data.gene[,c("x","y","width","height")])!=4,]
      在这里插入图片描述
      在这里插入图片描述

  • 导入修改后的函数，并使用：

    > source("./pathview-u.R")
> for(i in keggxls$ID){
+   pv.out <- pathview_u(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")
+ }
Info: Downloading xml files for hsa04657, 1/1 pathways..
Info: Downloading png files for hsa04657, 1/1 pathways..
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
Info: Working in directory C:/Users/urmsone/Desktop/Li
Info: Writing image file hsa04657.pathview.png
Info: Downloading xml files for hsa04668, 1/1 pathways..
Info: Downloading png files for hsa04668, 1/1 pathways..
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
Info: Working in directory C:/Users/urmsone/Desktop/Li
Info: Writing image file hsa04668.pathview.png
Info: Downloading xml files for hsa04066, 1/1 pathways..
Info: Downloading png files for hsa04066, 1/1 pathways..
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
Info: Working in directory C:/Users/urmsone/Desktop/Li
Info: Writing image file hsa04066.pathview.png
...

报错：Error in readPNG(paste(kegg.dir, "/", pathway.name, ".png", sep = "")) : libpng error: Read Error

五、Demo获取链接

完整Demo和使用说明请参考https://github.com/UrmsOne/KEGG-demo

Urmsone 发布了31 篇原创文章 · 获赞 16 · 访问量 2万+ 私信 关注

标签：rt,KEGG,&&,pathview,报错,install,BiocManager,gene
来源： https://blog.csdn.net/Urms_handsomeyu/article/details/103962949

本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享；
2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除；
5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。

关于我们 | 联系我们 | 留言反馈

专注分享技术，共同学习，共同进步。侵权联系[81616952@qq.com]

Copyright (C)ICode9.com, All Rights Reserved.

ICode9版权所有