如何使R脚本从管道和用户给定的参数中获取输入

2019-10-29 04:51:11 阅读：298 来源： 互联网

我有以下R脚本(myscript.r)

#!/usr/bin/env Rscript
dat <- read.table(file('stdin'), sep=" ",header=FALSE)
# do something with dat
# later with user given "param_1"

使用该脚本,我们可以通过以下方式运行它；

$cat data_no_*.txt | ./myscript.r

我要做的是使脚本从用户那里获取其他参数：

$cat data_no_*.txt | ./myscript.r param_1

我该怎么做才能修改myscript.r来适应呢？

解决方法:

对于非常基本的用法,请查看？commandArgs.

对于更复杂的用法,两个用于命令行参数和选项解析的流行软件包是getopt和optparse.我一直使用它们,它们可以完成工作.我也看到了argparse、argparser和GetoptLong,但以前从未使用过它们.我错过了一个：Dirk建议您查看docopt,它看起来非常好并且易于使用.

最后,由于您似乎正在通过管道传递参数,因此您可能会发现此OpenRead()函数对于泛化代码并使参数成为管道或文件很有用.

我想测试docopt,因此将它们放在一起,您的脚本可能如下所示：

#!/usr/bin/env Rscript

## Command-line parsing ##

'usage: my_prog.R [-v -m <msg>] <param> <file_arg> 

options:
 -v        verbose
 -m <msg>  Message' -> doc

library(docopt)
opts <- docopt(doc)

if (opts$v) print(str(opts)) 
if (!is.null(opts$message)) cat("MESSAGE: ", opts$m)

## File Read ##

OpenRead <- function(arg) {
   if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) {
      file("stdin", open = "r")
   } else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) {
      fifo(arg, open = "r")
   } else {
      file(arg, open = "r")
   }
}

dat.con <- OpenRead(opts$file_arg)
dat <- read.table(dat.con, sep = " ", header = FALSE)

# do something with dat and opts$param

您可以测试运行情况：

echo "1 2 3" | ./test.R -v -m HI param_1 -

要么

./test.R -v -m HI param_1 some_file.txt

标签：bash,unix,stdin,linux,r
来源： https://codeday.me/bug/20191029/1957358.html

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