标签：Kimura 第三章 核苷酸 替代 模型 序列 DNA 位点

1、前言

3.1、两个序列间的核苷酸差异

来自同一祖先序列的两条后裔序列，之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大。简单的计量方法，p距离

3.2、核苷酸代替数的估计

3.3、Jukes和Cantor模型

该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生，且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种核苷酸中的一种。因此，每个位点每年的核苷酸代替率γ=3α

3.4、Kimura两参数法

 在实际情况中，转换替代速率大于颠换速率。考虑到该情况，Kimura提出了新模型，来计算每个位点的氨基酸替代数。

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