标签：sapiens musculus Mus list 探针 Homo 分组 Rattus GEO
2. 分组信息&探针注释
#group_list(实验分组)和ids(芯片注释)，每次都需要改
rm(list = ls())
load(file = "step1output.Rdata")
library(stringr)
#1.group_list------------
#第一类，现成的某一列或在某列中包含（少见）
group_list = pd$title
#第二类，自己生成（样本少，排列整齐）
group_list = c(rep("control",times=3),rep("treat",times=3))
group_list
#第三类，ifelse（样本多，排列不整齐）
library(stringr)
group_list = ifelse(str_detect(pd$title,"Control"),"control","treat")
#设置参考水平，对照在前，处理在后
group_list = factor(group_list,
levels = c("control","treat")) #若不指定level，则level以首字母进行排序
#2.ids-----------------
#方法1 BioconductorR包（推荐）
gpl
#http://www.bio-info-trainee.com/1399.html #在网站中查找GPL对应的BioconductorR包。
if(!require(hugene10sttranscriptcluster.db))BiocManager::install("hugene10sttranscriptcluster.db")
#判断式安装R包（前缀 + db），修改代码时使用"Ctrl + F"查找并全部替换。
library(hugene10sttranscriptcluster.db) #加载R包。
ls("package:hugene10sttranscriptcluster.db") #查看R包里有哪些函数/数据。
ids <- toTable(hugene10sttranscriptclusterSYMBOL) #使用“toTable”函数提取R包中的SYMBLE数据。
head(ids) #查看ids：探针id和基因symbol的对应关系。
#ids可能会比exp少，因为有些探针目前无法匹配到基因。
#一个探针对应多个基因 - 非特异性探针，注释文件中已去除，不需要管。
#多个探针对应一个基因：按照基因去重复（随机保留/求最大值/求平均值）。
#去重复代码：ids = ids[!duplicated(ids$symbol),]
#只保留第一次出现的基因。
#!duplicated(ids$symbol)：第二次出现的基因返回的结果为FALSE。
# 方法2 读取gpl页面的soft文件，按列取子集 #使用IDM
# 方法3 官网下载
# 方法4 自主注释
save(exp,group_list,ids,file = "step2output.Rdata")
http://www.bio-info-trainee.com/1399.html 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor
GPL对应的BioconductorR包：
gpl organism bioc_package
1 GPL32 Mus musculus mgu74a 2 GPL33 Mus musculus mgu74b 3 GPL34 Mus musculus mgu74c 6 GPL74 Homo sapiens hcg110 7 GPL75 Mus musculus mu11ksuba 8 GPL76 Mus musculus mu11ksubb 9 GPL77 Mus musculus mu19ksuba 10 GPL78 Mus musculus mu19ksubb 11 GPL79 Mus musculus mu19ksubc 12 GPL80 Homo sapiens hu6800 13 GPL81 Mus musculus mgu74av2 14 GPL82 Mus musculus mgu74bv2 15 GPL83 Mus musculus mgu74cv2 16 GPL85 Rattus norvegicus rgu34a 17 GPL86 Rattus norvegicus rgu34b 18 GPL87 Rattus norvegicus rgu34c 19 GPL88 Rattus norvegicus rnu34 20 GPL89 Rattus norvegicus rtu34 22 GPL91 Homo sapiens hgu95av2 23 GPL92 Homo sapiens hgu95b 24 GPL93 Homo sapiens hgu95c 25 GPL94 Homo sapiens hgu95d 26 GPL95 Homo sapiens hgu95e 27 GPL96 Homo sapiens hgu133a 28 GPL97 Homo sapiens hgu133b 29 GPL98 Homo sapiens hu35ksuba 30 GPL99 Homo sapiens hu35ksubb 31 GPL100 Homo sapiens hu35ksubc 32 GPL101 Homo sapiens hu35ksubd 36 GPL201 Homo sapiens hgfocus 37 GPL339 Mus musculus moe430a 38 GPL340 Mus musculus mouse4302 39 GPL341 Rattus norvegicus rae230a 40 GPL342 Rattus norvegicus rae230b 41 GPL570 Homo sapiens hgu133plus2 42 GPL571 Homo sapiens hgu133a2 43 GPL886 Homo sapiens hgug4111a 44 GPL887 Homo sapiens hgug4110b 45 GPL1261 Mus musculus mouse430a2 49 GPL1352 Homo sapiens u133x3p 50 GPL1355 Rattus norvegicus rat2302 51 GPL1708 Homo sapiens hgug4112a 54 GPL2891 Homo sapiens h20kcod 55 GPL2898 Rattus norvegicus adme16cod 60 GPL3921 Homo sapiens hthgu133a 63 GPL4191 Homo sapiens h10kcod 64 GPL5689 Homo sapiens hgug4100a 65 GPL6097 Homo sapiens illuminaHumanv1 66 GPL6102 Homo sapiens illuminaHumanv2 67 GPL6244 Homo sapiens hugene10sttranscriptcluster 68 GPL6947 Homo sapiens illuminaHumanv3 69 GPL8300 Homo sapiens hgu95av2 70 GPL8490 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation27k 71 GPL10558 Homo sapiens illuminaHumanv4 72 GPL11532 Homo sapiens hugene11sttranscriptcluster 73 GPL13497 Homo sapiens HsAgilentDesign026652 74 GPL13534 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation450k 75 GPL13667 Homo sapiens hgu219 76 GPL15380 Homo sapiens GGHumanMethCancerPanelv1 77 GPL15396 Homo sapiens hthgu133b 78 GPL17897 Homo sapiens hthgu133a标签：sapiens,musculus,Mus,list,探针,Homo,分组,Rattus,GEO 来源： https://www.cnblogs.com/xiaogaobugao/p/16671299.html
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