标签:GWAS GCTA -- gmat gwas home test 软件 grm
001、
root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# awk '{print $1, $2, $6}' gwas_test.fam > phenotype.txt ## 表型数据 root@PC1:/home/test# plink --bfile gwas_test --pca 3 1> /dev/null ## pca协变量 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam phenotype.txt plink.eigenval plink.eigenvec plink.log ## G矩阵 root@PC1:/home/test# /home/software/gcta_v1.94.0Beta_linux_kernel_3_x86_64/gcta_v1.94.0Beta_linux_kernel_3_x86_64_static --bfile gwas_test --make-grm --make-grm-alg 1 --out gmat 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gmat.grm.bin gmat.grm.N.bin gwas_test.bed gwas_test.fam plink.eigenval plink.log gmat.grm.id gmat.log gwas_test.bim phenotype.txt plink.eigenvec ## 稀疏矩阵 root@PC1:/home/test# /home/software/gcta_v1.94.0Beta_linux_kernel_3_x86_64/gcta_v1.94.0Beta_linux_kernel_3_x86_64_static --grm gmat --make-bK-sparse 0.05 --out gmat2 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gmat2.grm.id gmat2.log gmat.grm.id gmat.log gwas_test.bim phenotype.txt plink.eigenvec gmat2.grm.sp gmat.grm.bin gmat.grm.N.bin gwas_test.bed gwas_test.fam plink.eigenval plink.log ## gwas分析 root@PC1:/home/test# /home/software/gcta_v1.94.0Beta_linux_kernel_3_x86_64/gcta_v1.94.0Beta_linux_kernel_3_x86_64_static --bfile gwas_test --grm-sparse gmat2 --fastGWA-mlm --pheno phenotype.txt --qcovar plink.eigenvec --out result 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls gmat2.grm.id gmat2.log gmat.grm.id gmat.log gwas_test.bim phenotype.txt plink.eigenvec result.fastGWA gmat2.grm.sp gmat.grm.bin gmat.grm.N.bin gwas_test.bed gwas_test.fam plink.eigenval plink.log result.log root@PC1:/home/test# head -n 5 result.fastGWA CHR SNP POS A1 A2 N AF1 BETA SE P 1 snp1 2802 G T 541 0.0988909 1.2972 7.79033 0.867753 1 snp2 2823 T C 541 0.0628466 4.77428 9.37217 0.610465 1 snp3 4512 G A 541 0.0665434 8.79444 9.16059 0.337041 1 snp4 16529 T C 541 0.0545286 2.06676 10.1066 0.837966 root@PC1:/home/test# head -n 5 result.fastGWA | column -t ## 结果文件 CHR SNP POS A1 A2 N AF1 BETA SE P 1 snp1 2802 G T 541 0.0988909 1.2972 7.79033 0.867753 1 snp2 2823 T C 541 0.0628466 4.77428 9.37217 0.610465 1 snp3 4512 G A 541 0.0665434 8.79444 9.16059 0.337041 1 snp4 16529 T C 541 0.0545286 2.06676 10.1066 0.837966
标签:GWAS,GCTA,--,gmat,gwas,home,test,软件,grm 来源: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16536291.html
本站声明: 1. iCode9 技术分享网(下文简称本站)提供的所有内容,仅供技术学习、探讨和分享; 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 3. 关于本站的所有言论和文字,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 4. 本站文章均是网友提供,不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属;如您发现该文章侵犯了您的权益,可联系我们第一时间进行删除; 5. 本站为非盈利性的个人网站,所有内容不会用来进行牟利,也不会利用任何形式的广告来间接获益,纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。