标签:11 10k gwas 显著性 Chr1 51 Chr5 Chr8 50
001、awk 实现
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls pvalue.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat pvalue.bed ## 第一列染色体, 二列pos, 三列p Chr1 1570052 3.6112E-10 Chr1 5188622 5.6283E-8 Chr1 5188673 4.6785E-8 Chr5 3646289 6.8643E-8 Chr5 3646322 7.3506E-8 Chr5 3646326 5.6297E-8 Chr8 26818268 2.1217E-11 Chr8 26818278 4.1958E-11 Chr8 26825376 5.9121E-13 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# awk '{print $1, $2 - 1 - 10000, $2 - 1, $3; print $1, $2 + 1, $2 + 1 + 10000, $3}' pvalue.bed Chr1 1560051 1570051 3.6112E-10 ## 提取上下游10k Chr1 1570053 1580053 3.6112E-10 Chr1 5178621 5188621 5.6283E-8 Chr1 5188623 5198623 5.6283E-8 Chr1 5178672 5188672 4.6785E-8 Chr1 5188674 5198674 4.6785E-8 Chr5 3636288 3646288 6.8643E-8 Chr5 3646290 3656290 6.8643E-8 Chr5 3636321 3646321 7.3506E-8 Chr5 3646323 3656323 7.3506E-8 Chr5 3636325 3646325 5.6297E-8 Chr5 3646327 3656327 5.6297E-8 Chr8 26808267 26818267 2.1217E-11 Chr8 26818269 26828269 2.1217E-11 Chr8 26808277 26818277 4.1958E-11 Chr8 26818279 26828279 4.1958E-11 Chr8 26815375 26825375 5.9121E-13 Chr8 26825377 26835377 5.9121E-13
002、bedtools实现
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls all.con.fa.fai pvalue.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat pvalue.bed ## 第一列染色体,二列pos,三列pos,四列p值 Chr1 1570052 1570052 3.6112E-10 Chr1 5188622 5188622 5.6283E-8 Chr1 5188673 5188673 4.6785E-8 Chr5 3646289 3646289 6.8643E-8 Chr5 3646322 3646322 7.3506E-8 Chr5 3646326 3646326 5.6297E-8 Chr8 26818268 26818268 2.1217E-11 Chr8 26818278 26818278 4.1958E-11 Chr8 26825376 26825376 5.9121E-13 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat all.con.fa.fai ## samtools faidx file.fasta 生成 Chr1 43270923 6 50 51 Chr2 35937250 44136354 50 51 Chr3 36413819 80792356 50 51 Chr4 35502694 117934458 50 51 Chr5 29958434 154147212 50 51 Chr6 31248787 184704821 50 51 Chr7 29697621 216578590 50 51 Chr8 28443022 246870170 50 51 Chr9 23012720 275882059 50 51 Chr10 23207287 299355041 50 51 Chr11 29021106 323026481 50 51 Chr12 27531856 352628017 50 51 ChrUn 633585 380710518 60 61 ChrSy 592136 381354670 60 61 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# bedtools flank -i pvalue.bed -b 10000 -g all.con.fa.fai Chr1 1560051 1570051 3.6112E-10 ## 提取上下游 10k Chr1 1570053 1580053 3.6112E-10 Chr1 5178621 5188621 5.6283E-8 Chr1 5188623 5198623 5.6283E-8 Chr1 5178672 5188672 4.6785E-8 Chr1 5188674 5198674 4.6785E-8 Chr5 3636288 3646288 6.8643E-8 Chr5 3646290 3656290 6.8643E-8 Chr5 3636321 3646321 7.3506E-8 Chr5 3646323 3656323 7.3506E-8 Chr5 3636325 3646325 5.6297E-8 Chr5 3646327 3656327 5.6297E-8 Chr8 26808267 26818267 2.1217E-11 Chr8 26818269 26828269 2.1217E-11 Chr8 26808277 26818277 4.1958E-11 Chr8 26818279 26828279 4.1958E-11 Chr8 26815375 26825375 5.9121E-13 Chr8 26825377 26835377 5.9121E-13
标签:11,10k,gwas,显著性,Chr1,51,Chr5,Chr8,50 来源: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16491549.html
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