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Samtools报错解决方案【samtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared obj

2022-04-04 14:03:28  阅读:218  来源: 互联网

标签:samtools libbz2 lib so.1 虚拟环境 conda file shared 报错


辣鸡conda,总莫名其妙整出一些事故;之前在其他环境安装过Samtools,可以正常使用,但新建虚拟环境后重新安装,报以上错误;

报错原因:未找到库文件libbz2.so.1.0;怀疑是conda安装samtools是跳过了这个库的安装【查看之前可以正常使用的samtools版本,和现在安装的版本不同】;

解决方案:将软件所需要的库文件放到虚拟环境的lib目录下【本人之前在conda其他虚拟环境安装过软件,所以我的环境中存在libbz2.so.0.1这个库文件(见下面操作步骤),我觉得从任何地方把这玩意复制过来应该都可以解决问题】;理论上其他库文件丢失可以以同样方式解决。

 

1.查找conda内其他地方是否有libbz2.so.1.0库

1 find /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3 -name libbz2*

 

 

  可以看到在conda中存在这样的库,虽然版本不同,但问题应该不大,因为报错是指定版本,但复制后直接进行软连接就行

2.将库文件复制一份到虚拟环境下的lib文件夹,并软连接

1 cd /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3/envs/chipseq/lib
2 cp /home/shenqingsong/project/APP/miniconda3/pkgs/bzip2-1.0.8-h7f98852_4/lib/libbz2.so.1.0.8 ./
3 ln -s libbz2.so.1.0.8 libbz2.so.1.0
4 ll libbz*

 

3.重新尝试运行samtools

1 samtools --help

 

标签:samtools,libbz2,lib,so.1,虚拟环境,conda,file,shared,报错
来源: https://www.cnblogs.com/sqsgoodluck/p/16098957.html

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