标签：CNV 肿瘤 20 代码 样本 tree inferCNV 热图

之前写过三篇和CNV相关的帖子，如果你做肿瘤单细胞转录组，大概率看过：

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法
单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化

其中，第三篇帖子里面有两个注释代码，可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释

这次对tree_anno.R代码做了更新，简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制，最后的结果会输出更少更明显的CNV

之前在我这里拿过代码的读者如果需要，可以直接找我拿更新后的代码(tree_anno.new.R)，以及下面的代码(cnv_heatmap.R)。

另外，需要说明的是，距离我上次发布inferCNV帖子(2021年4月)已经半年了，前些天有读者跟我说，新版的inferCNV(读者给我看的是inferCNV v1.8.1)，在给肿瘤细胞分组时，默认的方法已经变了，cell_groupings文件中已经没有tree相关的信息了。如果仍然想得到肿瘤进化树，需要改tumor_subcluster_partition_method参数为random_trees，默认是leiden，后者速度快但没有tree信息。

以下是这篇帖子的主要内容。

参考的还是之前提到的两篇NC文章：

ref1: Single-cell RNA landscape of intratumoral heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in advanced osteosarcoma

ref2: Single-cell analysis reveals new evolutionary complexity in uveal melanoma

inferCNV的热图可以反映单个样本的CNV情况，这个热图可以反映多个样本的CNV情况，而且简化到染色体长短臂。在样本比较多时，还是比较有用的。

这次的代码仍然依赖inferCNV的输出信息，仍然是"subclusters"模式。（inferCNV相关的用法参考我之前的帖子，这里不多说）

最终的效果图：

图中列是样本，行是CNV type (chr1p_loss这种)。每一个方块代表，该样本具有这种CNV的细胞在所有肿瘤细胞中的占比。

因水平有限，有错误的地方，欢迎批评指正！

标签：CNV,肿瘤,20,代码,样本,tree,inferCNV,热图
来源： https://www.cnblogs.com/TOP-Bio/p/15484839.html

本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享；
2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除；
5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。