标签：tar export PATH 耦合 COAWST 安装 DIR ifort
1 COAWST 模式简介
COAWST 模型是由美国地质调查局(U.S. Geological Survey)和美国伍兹霍尔海洋研究所(The Woods Hole Oceanographic Institution)联合开发的海洋-大气-波浪-泥沙耦合模型。COAWST由多个模型组成，包括区域海洋模型(ROMS)、天气研究和预报模式(WRF)、浅海波浪模型(SWAN)，和泥沙输运模型(CSTMS)等。由于实际的海洋动力环境十分复杂，潮流、波浪、沉积物时刻耦合，并有各自的时空运动尺度，而 COAWST 模型的优势之一就是这些子模型进行不同的组合和嵌套，通过数据交换耦合器(MCT)进行耦合，来提高整体模型的时空分辨率，增加模拟物理过程的复杂性，从而可以将海气交互，浪流相互作用考虑在内，使得模拟结果与实际海洋环境更加吻合。
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2 安装依赖软件
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Zlib
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HDF5
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NetCDF-C
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NETCDF-FORTRAN
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Openmpi
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MCT
3 下载 COAWST 代码
mkdir COAWST
cd COAWST svn checkout --username 用户名https://coawstmodel.sourcerepo.com/coawstmodel/COAWST .
4 安装软件
4.0 设置相关环境变量
vim ~/.bashrc
export SRC=安装包所在目录
export DIR=软件库安装位置
export CC=icc export CXX=icpc
export FC=ifort
export F90=ifort
export F77=ifort
export PATH=$DIR/hdf5-1.10.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/hdf5-1.10.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export HDF5_HOME=$DIR/hdf5-1.10.5
export HDF5_INCDIR=$HDF5_HOME/include
export HDF5_LIBDIR=$HDF5_HOME/lib
export PATH=$DIR/netcdf4.4/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/netcdf4.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export NETCDF=$DIR/netcdf4.4 export NETCDF_INC=$NETCDF/include
export NETCDF_LIB=$NETCDF/lib
export NETCDF_INCDIR=$NETCDF/include
export NETCDFPATH=$NETCDF
export MCT_LIBDIR=$DIR/MCT/lib
export MCT_INCDIR=$DIR/MCT/include
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=$DIR/openmpi/lib:$LIBRARY_PATH
export PATH=$DIR/openmpi/bin:$PATH
保存 退出
source ~/.bashrc
4.1 安装 ZLIB
cd $SRC
wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/zlib-1.2.8.tar.gz
tar -xzf zlib-1.2.8.tar.gz
cd zlib-1.2.8
./configure --prefix=$DIR/zlib-1.2.8
make
make install
4.2 安装 HDF5
cd $SRC
wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.10.5.tar.gz
tar -zxf hdf5-1.10.5.tar.gz
cd hdf5-1.10.5
./configure --prefix=$DIR/hdf5-1.10.5 --with-zlib=$DIR/zlib-1.2.8
make
make install
4.3 安装 NetCDF-C
编译netcdf与编译coawst必须使用相同的编译器，即在configure之后加上FC=ifort F77=ifort F90=ifort CXX=icpc CC=icc 。
cd $SRC
wget https://github.com/Unidata/netcdf-c/archive/v4.4.0.tar.gz
tar -xzf v4.4.0.tar.gz
cd netcdf-c-4.4.0
./configure --prefix=$DIR/netcdf4.4 --enable-netcdf-4 --enable-shared FC=ifort F77=ifort F90=ifortCXX=icpc CC=icc CPPFLAGS="-I$DIR/hdf5-1.10.5/include -I$DIR/zlib-1.2.8/include -I$DIR/netcdf4.4/include" LDFLAGS="-L$DIR/hdf5-1.10.5/lib -L$DIR/zlib-1.2.8/lib -L$DIR/netcdf4.4/lib"
make
make install
./nc-config --all
4.4 安装 NETCDF-FORTRAN
cd $SRC
wget https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/archive/v4.4.3.tar.gz
tar -xzf v4.4.3.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.4.3
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/netcdf4.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
./configure --prefix=$DIR/netcdf4.4 --enable-shared FC=ifortF77=ifort F90=ifort CXX=icpc CC=icc CPPFLAGS="-I$DIR/hdf5-1.10.5/include -I$DIR/netcdf4.4/include" LDFLAGS="-L$DIR/hdf5- 1.10.5/lib -L$DIR/netcdf4.4/lib"
make
make install
./nf-config --all
4.5 安装Openmpi
cd $SRC
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/downloads/openmpi-2.0.2.tar.gz
tar xvf openmpi-2.0.2.tar.gz
cd openmpi-2.0.2
./configure --prefix=$DIR/openmpiCC=icc CXX=icpc FC=ifort F90=ifort F77=ifort
make
make install
4.6 安装 MCT
cd ~/COAWST/Lib/MCT
./configure --prefix=$DIR/MCTMPIHEADER=-I$DIR/openmpi/include
make
make install
5 编译 Inlet_test
Inlet算例是测试ROMS和SWAN之间相互耦合的理想算例。模型域为一个15x14 km的矩形，初始深度均为4 m。该区域被分为两个区域:向海(顶部)和后屏障(底部)区域。朝向大海的区域是开放的，西部、北部和东部边缘都有辐射条件。后屏障区域由四面墙围合，并通过一个2公里宽的入口与向海区域相连。该模型受潮汐和波浪的影响。在北侧边界施加一个振荡水位，潮汐振幅为1米。北侧也有波浪，高度为1米，向南的波浪周期为10秒。
模拟0.5天的流场和有效波高
cd ~/COAWST/Projects/Inlet_test/Coupled 将COAWST目录下的coawst.bash拷贝至该目录下
编辑 coawst.bash ，然后编译
vim coawst.bash
COAWST_APPLICATION=INLET_TEST
export MY_ROOT_DIR=~/COAWST
export USE_MPI=on
export USE_MPIF90=on
export which_MPI=openmpi
export FORT=ifort
export USE_NETCDF4=on
export MY_HEADER_DIR=${PWD}
export MY_ANALYTICAL_DIR=${PWD}
#保存退出coawst.bash
#编译，若生成 coawstM，编译成功 ./coawst.bash -j 4
6 编辑 ocean_inlet_test.in
VARNAME = ~/COAWST/ROMS/External/varinfo.dat
GRDNAME = inlet_test_grid.nc
SPOSNAM = stations_inlet_test.in
SPARNAM = sediment_inlet_test.in
7 编辑 swan_inlet_test.in
更改网格、水深文件路径
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8 运行
mpirun -n 2 ./coawstM coupling_inlet_test.in作者简介：王程浩 交通运输部天津水运工程科学研究院， 研究领域为海洋沉积动力学。
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标签：tar,export,PATH,耦合,COAWST,安装,DIR,ifort 来源： https://blog.csdn.net/islandowner2017/article/details/120419569
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