标签：CNV 癌旁 几个 样本 细胞 inferCNV 读者 上皮细胞 肿瘤
1.肿瘤细胞太少怎么办？
Z: 我的样本是肿瘤原发灶、淋巴结转移灶，我的淋巴结细胞恶性细胞基本都是几十个，这样的话是因为我前期过滤太狠了，还是就是淋巴结里面恶性肿瘤细胞很少?
H: 淋巴结转移样本我之前处理过，也是有肿瘤细胞很少的情况，当然也有肿瘤细胞数较多的情况，不能一概而论。你可以试着调整一下过滤参数，再看看。比如线粒体基因占比，肿瘤样本一般高一些。如果最后还是很少，那就没办法了。
2.淋巴结里面上皮细胞都是恶性的吗？还是就一部分是恶性。就是计算的CNV来看，会有一部分上皮不是恶性。
H: 依据我的经验，淋巴结转移灶里面的上皮细胞基本都是肿瘤细胞。我不是医学背景，我认为淋巴结不太可能有上皮细胞，所以只有可能是转移过来的肿瘤细胞。另，我之前应该说过，即使是肿瘤细胞也不一定会有CNV。
3.从CNV热图检查一下问题2
H: 你能给我看看你的淋巴结上皮细胞的CNV吗？
Z: 单独的淋巴结上皮细胞CNV? 我没有画这个图，我是全部上皮一起做的，然后计算了CNVscore。
H: 建议你还是一个样本一个样本做
Z: 每个样本单独去跑infercnv?
H: 是的
Z: 那还是只跑上皮细胞，还是每个样本所有细胞都一起跑
H: 只跑上皮细胞，跑的时候，以配对的正常样本的正常上皮细胞作为对照
Z: 我们有的样本没有配对的癌旁，基本都是肿瘤组织，只有三个配对癌旁。
H: 那就用别的病人的癌旁，没有配对的话，可以这样勉强做，总比不加对照准确
4.推断CNV时，如何选择参照细胞？
Z: 可以用同一个样本的免疫细胞或者fibro作为参照吗？我看有的文章是以endo 和fibro作为参照
H: 也可以，都有文章，你得都试一下，才能从图中看出哪种好
5.对癌旁有了新认识
Z: 其实我们从临床角度来说，如果取的是癌旁，不一定里面的上皮都是正常组织，可能也会有恶性上皮细胞
H: 这种情况应该很少吧。我之前也问过几个医学生朋友，跟我说这种情况很少。既然取癌旁，肯定不希望有肿瘤细胞，只是取样的时候谁也说不好取得有偏差。
Z: 癌旁是有定义的，距离肿瘤组织2cm以内。但我们临床实际取样很多时候就直接取的很远的正常组织
H: 哦哦，我明白了。严格的两公分以内的癌旁是可能有肿瘤细胞浸润的。很远的正常组织就不太可能有肿瘤细胞了
6.inferCNV是全部样本一起做，还是一个一个做？选什么细胞做参照？
Z: 其实我有一点不太明白，我们按照每个样本去跑CNV，目的应该就是去除一些其他技术因素 、患者特异性或者批次导致的影响吧，但如果以其他样本的正常上皮作为参照，这样应该也不准确吧
H: 你刚才问的选什么细胞做参照的问题，其实最理想的情况还是选同一个病人的“癌旁”样本，如果没有的情况就只能退而求其次了。是选其他病人的“癌旁”还是同一病人的免疫/基质细胞作为参照，我之前做过一些尝试，我自己的一些体会是，以T细胞为例（内皮、成纤维我没试过，给不出经验），以它作为参照，总能在某几个染色体区段上看到扩增或是缺失，这种现象在好几个病人中都出现了，后来发现并不是真正的CNV，只是上皮细胞相较于T细胞本来就存在的差异表达，如果不清楚这一点很容易将这些区段误认为是明显的CNV。以其他病人的“癌旁”作为对照，病人特异性可以不考虑，正常上皮细胞不同病人应该差不多，批次效应可能有，但实际分析下来我觉得inferCNV这一步批次的影响很小，这主要是从我分析的结果来看的（查询的细胞，确实有一些能看到CNV，有一些则表现得和参考细胞一样，几乎没有CNV），另外，这里给出一篇用别的病人的“癌旁”上皮细胞作为对照的cell research文献Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma。
Z: 你后来发现并不是真正的CNV 这个你是怎么判断的？我之前用T细胞的时候好像也遇到过这样的现象。然后我用成纤维和内皮细胞发现效果好像还不错。
我也模仿的是一篇文章里面，将一部分成纤维和内皮细胞混在上皮里面，看他们的聚类情况
H: 很多病人都有，且和已知的这种癌症的CNV对不上；再一个是已知这个区段上有一些T细胞高表达的基因。你这个看着效果还可以。如果效果可以，你就按你的做吧。
因水平有限，有错误的地方，欢迎批评指正！
标签：CNV,癌旁,几个,样本,细胞,inferCNV,读者,上皮细胞,肿瘤 来源： https://www.cnblogs.com/TOP-Bio/p/15046849.html
本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享； 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关； 3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关； 4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除； 5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。