标签：芯片 组织 RNA 基因 切片 转录 概述 空间 捕获

来自https://spatialtranscriptomics.com/workflow/

 1. Histology

将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。

 2. The Array

空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。

 3. Tissue Fixation

组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。

 4. Permeabilisation

用我们的渗透试剂对组织进行渗透，这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞，并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此，基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。

 5. cDNA Synthesis

cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的，因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外，这是构建可测序文库之前的必要步骤。

 6. Library Preparation

cdna - rna -杂交体从芯片上分离出来，然后建库。这意味着分子在某种程度上进行了修改，使之能够通过测序仪器读出它们编码的信息。

 7. Massively Parallel Sequencing

创建的库是有序的。因此，关于捕获的RNA编码的基因和RNA来自组织的哪里的信息被提取出来。这些数据在云中存储和分析。

 8. Data Visualisation

在最后一步中，所有之前收集的信息都被汇集起来，可以在线访问。这意味着在实践中，您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此，你可以在一个单一的实验中进行广泛的新分析。

https://www.jianshu.com/p/a7b0b7f3494e

标签：芯片,组织,RNA,基因,切片,转录,概述,空间,捕获
来源： https://www.cnblogs.com/emanlee/p/14942648.html

本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享；
2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除；
5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。