标签:pp seurat genes v3 highly 源码 版本 variable 浅析
版本
导入Scanpy, 其版本为'1.9.1',如果你看到的源码和下文有差异,其可能是由于版本差异。
import scanpy as sc
sc.__version__
#'1.9.1'
功能
函数pp.highly_variable_genes
其源代码在scanpy/preprocessing/_highly_variable_genes.py
其主要功能寻找高变基因。当前函数内置了3个方法来寻找高变基因,可以通过参数flavor
选择。其分别为:‘seurat’, ‘cell_ranger’, ‘seurat_v3’。'seurat_v3' 应该是seurat 第3个大版本使用的方法,对应于Seurat::FindVariableFeatures 的 selection.method = "vst"。现在Seurat已经第四个版本,默认也是vst。
代码解析
由于该函数代码较多,将会分成3部分解析:
- _highly_variable_genes_seurat_v3
- _highly_variable_genes_single_batch
- _highly_variable_genes(multiple batch)
标签:pp,seurat,genes,v3,highly,源码,版本,variable,浅析 来源: https://www.cnblogs.com/huanping/p/16684872.html
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